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在凝膠和蛋白質(zhì)印跡膜中,數(shù)字電荷耦合器件 (CCD) 成像儀的主要應(yīng)用都是對蛋白質(zhì)和 DNA 進(jìn)行成像和分析?,F(xiàn)代 CCD 相機(jī)的靈敏度和寬動態(tài)范圍使人們對量化和便捷性充滿信心,而這些是暗室沖洗膠片所達(dá)不到的。
為了進(jìn)一步完善 CCD 成像,Amersham ImageQuant 800 生物分子成像儀可減少噪聲、提高分辨率,從而提供更卓越的圖像質(zhì)量。
圖像噪聲限制了可從曝光中準(zhǔn)確分析的信號強(qiáng)度范圍。分辨率差會限制圖像上精細(xì)細(xì)節(jié)的展現(xiàn),例如凝膠上間隔很近的條帶。ImageQuant 800 生物分子成像儀克服了這些挑戰(zhàn),它采用新穎的自動曝光設(shè)置、優(yōu)化信噪比觀察 (SNOW) 模式,無需像素合并即可實現(xiàn)高分辨率成像。
CCD 成像儀和實驗室成像的另一項挑戰(zhàn)是研究人員需要成像的樣品類型千差萬別,這些樣品類型需要的照明模式也迥然相異。實驗室通常有多個成像系統(tǒng)專門針對不同的應(yīng)用,包括帶彩色標(biāo)記的印跡膜發(fā)光檢測、需要 UV 照明的 DNA 凝膠、培養(yǎng)皿中的菌落以及多孔板中的測定。
ImageQuant 800 系統(tǒng)為各種樣品類型提供靈活性,還有高質(zhì)量的圖像生成,這使得它在一系列應(yīng)用中脫穎而出。該系統(tǒng)非常適合于需要已校準(zhǔn)的 Coomassie? 染色凝膠光密度測量的質(zhì)量控制實驗室,以及要求 ECL 蛋白質(zhì)印跡實驗有盡可能大動態(tài)范圍的科研實驗室。
探索 ImageQuant 800 CCD 生物分子成像儀的全部功能
自動信噪比優(yōu)化 提供好的圖像質(zhì)量
許多實驗室 CCD 成像系統(tǒng)都有自動曝光模式。對于蛋白質(zhì)印跡,這些模式試圖在高強(qiáng)度條帶飽和與低強(qiáng)度條帶曝光不足之間找到一個適當(dāng)折中的曝光時間。結(jié)果就是動態(tài)范圍受到限制,而且很難在高強(qiáng)度條帶存在時對低強(qiáng)度條帶進(jìn)行定量。當(dāng)目標(biāo)蛋白與高表達(dá)蛋白同時存在時,就會出現(xiàn)這種困難。
ImageQuant 800 系統(tǒng)采用獲得智能 SNOW 成像算法來自動找到信噪比 (S/N),盡量減少用戶輸入或猜測。這種方法提供了檢測低強(qiáng)度條帶所需的靈敏度;在傳統(tǒng)成像方法中,如果不增加高強(qiáng)度條帶的飽和度,就無法將低強(qiáng)度條帶可視化。
SNOW 成像模式過程涉及以下步驟:
預(yù)先曝光,確定曝光時間
選擇目標(biāo)區(qū)域和背景
多次自動曝光,連續(xù)取平均值來找到信噪比
SNOW 成像模式與其他自動曝光模式的區(qū)別是,它通過捕捉多個圖像并連續(xù)進(jìn)行信號平均來工作。這種圖像平均過程大程度地降低了噪聲,從而提高了信噪比(圖 1)。
圖 1. 通過 SNOW 算法進(jìn)行圖像捕捉和平均,減少了噪聲,從而大限度地提高了信噪比。(A) 從第一次捕捉到捕捉 73 次后的平均值,用 SNOW 算法得出連續(xù)平均 7.5 秒曝光的曲線圖,顯示 (B) 噪聲減少且信號穩(wěn)定,這使得 (C) 信噪比提高。
在 SNOW 成像過程中,用戶只輸入一次,就是在預(yù)曝光期間選擇背景和目標(biāo)區(qū)域。隨后,用戶可實時觀察目標(biāo)區(qū)域的信噪比不斷提高,直到系統(tǒng)達(dá)到信噪比。圖 2 顯示了 SNOW 過程是如何減少背景噪聲和提高信噪比的。
圖 2. 正在運(yùn)行中的 ImageQuant 800 系統(tǒng)控制軟件和 SNOW 曝光模式。在圖像平均過程中,轉(zhuǎn)印到蛋白質(zhì)印跡膜上的一系列帶 Cy5 標(biāo)記的抗體稀釋液的圖像持續(xù)更新。在該圖中,信噪比接近其大值。之后,當(dāng)信噪比開始降低時,SNOW 模式自動停止,軟件以大信噪比保存圖像。
使用 SNOW 算法后,無需再用傳統(tǒng)的試錯法來猜測找出曝光時間。這種自動化模式提高了所有目標(biāo)條帶都在廣泛線性動態(tài)范圍內(nèi)的幾率,不需要重復(fù)實驗或使多個印跡或 DNA 凝膠顯影,從而提高了蛋白質(zhì)印跡或 DNA 凝膠工作流程的效率和生產(chǎn)率。圖 3 比較了對蛋白質(zhì)印跡成像采用不同曝光的情況,顯示這些方法對圖像背景噪聲的不同影響。
圖 3. 在化學(xué)發(fā)光模式下對蛋白質(zhì)印跡采用傳統(tǒng)成像方法和 SNOW 成像方法的結(jié)果比較。(A 和 B)傳統(tǒng)成像,曝光時間短。(C) ImageQuant 800 CCD 成像儀上運(yùn)行的 93 秒 SNOW 檢測模式,采用多次短曝光并對圖像進(jìn)行平均來減少噪聲。(D) 單次 93 秒曝光,不使用 SNOW 算法。與傳統(tǒng)成像方法相比,SNOW 檢測模式產(chǎn)生的線性動態(tài)范圍寬,背景噪聲小,因而能夠從更寬的信號強(qiáng)度范圍內(nèi)對蛋白質(zhì)條帶進(jìn)行可視化和量化,而無需提高條帶的飽和度。
要達(dá)到這一級別的信噪比優(yōu)化,不僅需要 SNOW 算法,還需要強(qiáng)大的光學(xué)和硬件,也就是高分辨率、830 萬像素的 CCD 相機(jī)和大光圈 F 0.74 富士? 鏡頭。ImageQuant 800 系統(tǒng)是 10 年持續(xù)合作的結(jié)晶,結(jié)合了富士膠片在光學(xué)領(lǐng)域的專業(yè)水準(zhǔn)與我們在生命科學(xué)成像方面的專長。
通過蛋白質(zhì)印跡分析更深入地了解蛋白質(zhì)水平
CCD 數(shù)字成像和 X 射線膠片的另一個共同的挑戰(zhàn)是,在同一印跡上區(qū)分間隔緊密的條帶和多條不同的蛋白質(zhì)條帶。要克服這項挑戰(zhàn),通常需要以下策略:
延長聚丙烯酰胺凝膠電泳 (PAGE) 的運(yùn)行時間,希望間隔緊密的條帶能夠充分分離,以便于分辨
重復(fù)蛋白質(zhì)印跡實驗
進(jìn)行剝離并使用其他一抗重新孵育
對于總蛋白染色,區(qū)分 Coomassie 染色凝膠上的條帶可能較為困難;不過,使用側(cè)面照明和透射白光照明結(jié)合 ImageQuant 800 CCD 成像儀的高分辨率相機(jī),可以區(qū)分間隔僅有 0.5 mm 且分子量相似的蛋白質(zhì)(圖 4A)。
為了靶向多種蛋白質(zhì),熒光蛋白質(zhì)印跡提供了一種簡單的方法來替代化學(xué)發(fā)光。在雙色紅外(IR)照明功能的支持下,ImageQuant 800 系統(tǒng)可對同一印跡上的多種蛋白質(zhì)進(jìn)行多重檢測(圖 4B)。
圖 4. 在 ImageQuant 800 CCD 成像儀上通過熒光區(qū)分間隔很近的條帶與多種蛋白質(zhì)的成像。(A) 對 Coomassie 染色凝膠的高分辨率比色成像展現(xiàn)了區(qū)分凝膠上間隔 0.5 mm 條帶的能力。(B) 對蛋白質(zhì)印跡硝化纖維素膜的三色多重疊加圖像。在同一印跡上,使用長 IR(紅色)LED-濾光片組合檢測到的目標(biāo) ERK 蛋白質(zhì),以及用短 IR(綠色)LED-濾光片組合檢測到的 GAPDH。
擴(kuò)大 CCD 成像儀的應(yīng)用
蛋白質(zhì)印跡分析是 CCD 成像儀在許多實驗室中的主要應(yīng)用。盡管某些 CCD 系統(tǒng)可對其他應(yīng)用進(jìn)行成像,但這些成像儀在設(shè)計時可能沒考慮到這些應(yīng)用。要適應(yīng)這些場景,可能需要更改硬件和設(shè)置,這會使工作流程變得復(fù)雜。此外,也可能損害圖像質(zhì)量或靈敏度。
相比之下,ImageQuant 800 CCD 成像儀可簡化并提供適合廣泛應(yīng)用的高質(zhì)量圖像,而且內(nèi)置了靈活的照明選項和廣泛的適用樣品類型。比如,光源模式包括:
側(cè)面白光(470 nm 至 656 nm)
側(cè)面 UV (360 nm)
側(cè)面 RGB(635 nm、460 nm 和 535 nm)
側(cè)面短 IR (660 nm)
側(cè)面長 IR (775 nm)
透射白光
借助這些照明選項和各種可自定義的濾光片,用戶使用一臺儀器就能對各種樣品進(jìn)行全光譜成像。這種靈活性使得用戶能夠完成一系列有用的研究功能和應(yīng)用,同時節(jié)省空間并簡化工作流程。
菌落計數(shù)和分析
對細(xì)胞菌落進(jìn)行計數(shù)可能很乏味,也很耗時。菌落計數(shù)系統(tǒng)在提供一個非常特殊的功能的同時占用了工作臺的空間。此外,使用標(biāo)準(zhǔn)手持相機(jī)對不同的培養(yǎng)皿再現(xiàn)相同的圖像和分析可能存在挑戰(zhàn)。
ImageQuant 800 CCD 成像儀軟件利用了照明靈活性,能夠使用光密度 (OD)、熒光或 UV 模式實現(xiàn)自動菌落分析(圖 5)。利用附加的無視差 (NP) 鏡頭配件,可無需引入光學(xué)工件,即將化學(xué)發(fā)光成像用于培養(yǎng)皿和多孔板。
圖 5. 使用 ImageQuant 800 系統(tǒng)為培養(yǎng)皿提供菌落成像選項。(A) 光密度測量提供對每個菌落 OD 的直接測量。(B) 全彩成像。(C) 側(cè)面 UV 熒光成像用于捕捉細(xì)胞的自發(fā)熒光。使用 NP 鏡頭配件盤還可進(jìn)行化學(xué)發(fā)光成像。
宿主細(xì)胞蛋白分析
宿主細(xì)胞蛋白 (HCP) 水平為生物制品提供了一個純度指標(biāo),這樣制造商就能評估其純化策略并遵從藥典建議。HCP 分析是獲得監(jiān)管機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)的關(guān)鍵一步。
要分析 HCP ELISA,通常需要單獨的微孔板分光光度計。不過,如果使用 ImageQuant 800 系統(tǒng)上的 ImageQuant TL 分析軟件,無需專用的板讀取器就能分析 HCP ELISA(圖 6)。
圖 6. 使用 HCPQuant ELISA 試劑盒和 ImageQuant 800 CCD 成像儀對 HCP ELISA 的結(jié)果分析。(A) 白光圖像顯示在從中國倉鼠卵巢 (CHO) 細(xì)胞中檢測到 HCP 蛋白后,顏色變?yōu)辄S色。(B) 陣列分析圖像,其中提供適當(dāng)?shù)膮⒄諛颖荆?C) 由軟件生成的用于量化的標(biāo)準(zhǔn)曲線。
作為其化學(xué)發(fā)光和熒光蛋白質(zhì)印跡成像模式的延伸,ImageQuant 800 CCD 成像儀提供對 HCP 覆蓋率測定的直接成像。可使用傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)印跡、差異印跡電泳 (DIBE) 或差異凝膠電泳 (DIGE) 方法進(jìn)行這些測定。
DNA 凝膠可視化和宏觀成像應(yīng)用
對 DNA 凝膠進(jìn)行成像的傳統(tǒng)方法是采用專用的 UV 平臺,再連接計算機(jī)、相機(jī)和打印機(jī)。ImageQuant 800 因為具有 UV 照明模式,不需要單獨的設(shè)備,生成的圖像文件使用 ImageQuant CONNECT 軟件從本地和遠(yuǎn)程均可輕松訪問。
ImageQuant 800 系統(tǒng)非常通用,不僅限于實驗室凝膠、印跡和孔板。例如,UV 照明功能已被用于研究宏觀層面的結(jié)構(gòu),比如熒光激發(fā)下花朵上呈現(xiàn)的脈絡(luò)狀圖案(圖 7)。1
圖 7. 采用不同的 LED 和濾光片組合在 ImageQuant 800 系統(tǒng)中成像的石斛蘭花。成像儀展示了花朵各部分在不同的激發(fā)波長下的熒光效果,呈現(xiàn)出脈絡(luò)狀圖案。
充分利用 CCD 成像儀
將多個成像儀器組合到一個 CCD 成像系統(tǒng)中可能會引起對儀器可用性的擔(dān)憂,尤其是在多用戶的實驗室中。如果某臺儀器不可用或者需求量很大,就有可能限制研究人員,造成與儀器使用有關(guān)的瓶頸。
ImageQuant 800 CCD 成像儀和相關(guān)的 ImageQuant CONNECT 軟件在設(shè)計中考慮到了這些挑戰(zhàn)。連接到本地網(wǎng)絡(luò)后,可在本地和遠(yuǎn)程調(diào)度系統(tǒng)軟件,還能訪問之前運(yùn)行所得到的圖像。由于可輕易訪問圖像,不再需要使用 USB 驅(qū)動器進(jìn)行物理傳輸。
CCD 成像儀可隨著實驗室的研究需求而改進(jìn)
對于任何實驗室或研究機(jī)構(gòu)來說,CCD 成像儀都是一項重大投資。想滿足實驗室不斷變化的研究需求,又想避免設(shè)備閑置,要在這兩者之間達(dá)到平衡可能具有挑戰(zhàn)性。
ImageQuant 800 生物分子成像儀具備多種功能,即使實驗室不需要全套選項,也能從高分辨率、高質(zhì)量和高度精準(zhǔn)的圖像中獲益。該系統(tǒng)提供 4 種配置:ImageQuant 800、ImageQuant 800 UV、ImageQuant 800 OD 和 ImageQuant 800 Fluor。表 1 中描述了每種配置的應(yīng)用和光源。每個選項都提供直接升級途徑,可擴(kuò)展和調(diào)整來適應(yīng)研究小組隨時間變化的獨特需求。
表 1. ImageQuant 800 系統(tǒng)配置和應(yīng)用